Establecimiento fue fundado en 1959 y desde 2014 forma parte de la Sociedad de Escuelas Católicas Santo Tomás de Aquino.
Con una Misa de Acción de Gracias, a oficiarse el viernes 3 de agosto, a las 11:00 horas, en la Parroquia Santa Marta, ubicada en Diego de Almagro 5225, comuna de Ñuñoa, el Colegio Santa Marta celebra su 59° aniversario. Fue fundado en el año 1959, como Escuela Básica Particular número 398 Santa Marta, con un objetivo muy preciso: educar y ayudar a familias de escasos recursos que habían llegado a vivir en los terrenos llamados las siete canchas, aledaños a la Parroquia Santa Marta. En sus inicios el colegio perteneció a la Congregación del Sagrado Corazón de Holanda (Dehonianos).
El Padre Cornelio Selders asume la dirección de la Escuela y comienza su actividad con dos cursos; primero y segundo año de preparatoria. En 1964 llegan las religiosas Misioneras de San José que dieron un nuevo impulso a la escuela con apoyo a la formación pedagógica. Desde 1966 hasta 1982, fue dirigida por el Padre Luis Sievelink. Luego ocupa el cargo de director don Pedro Weigmar y posteriormente en 1986, la señora Oriana Meza, profesora de Castellano, asume como directora interina hasta el año 1987. A partir de este año toma el cargo el señor Raúl Fernández, profesor de historia. En el año 2002, la señora Rosa Carreño ocupa el cargo de directora incorporando el nivel de prekinder y da inicio al Proyecto de Integración.
Hacia fines del año 2006, los sacerdotes Dehonianos dejan el colegio en manos del Arzobispado de Santiago, bajo la responsabilidad directa de la Parroquia Santa Marta, cuyo párroco en ese entonces era el Pbro. Javier Barros Bascuñán, adquiriendo la condición de colegio parroquial.
En el año 2007 llega a la dirección el señor Raúl Díaz. Al año siguiente, en el 2008, asume como director don Fernando Pereira. Durante su gestión empieza a funcionar la Enseñanza Media y se comienza a concretar el proyecto de ampliación.
A fines del 2014, el colegio pasa a formar parte de la Fundación Educacional Sociedad de Escuelas Católicas de Santo Tomás de Aquino, Entre 2015 y 2017 se desempeña como rectora, la profesora Maritza González. Actualmente su rectora es la profesora Javiera Gamboa.
Fuente: Comunicaciones Colegio Santa Marta