Nacido originalmente con el nombre de Escuela San Luis Gonzaga en 1876, este establecimiento emplazado en la comuna de Independencia fue bautizado en 1906 como Miguel Rafael Prado, nombre de uno de los primeros presidentes de la Sociedad de Escuelas Católicas Santo Tomás de Aquino.
El Liceo fue administrado por los Hermanos de La Salle y la congregación Hermanas del
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Mira la vitrina del Liceo Miguel Rafel Prado: